摘要

      动机：在监测抗生素耐药性的产生、积累和传播过程中，抗生素耐药性受到了全球的广泛关注。为了快速鉴定和量化宏基因组数据集中的抗生素耐药基因（ARGs），我们开发了一个在线分析管道ARGs-OAP，该管道由一个名为结构化抗生素耐药基因（SARG）的具有层次结构的数据库（ARGs型亚型参考序列）组成。
      结果：新版本的数据库称为SARG版本2.0，它不仅包含来自CARD和ARDB数据库的序列，还包含来自NCBI-NR数据库最新蛋白质集合的精心挑选和整理的序列，以跟上ARG沉积序列数量的增加。SARG v2.0已经将第一个版本的序列增加了两倍，并证明了在不同环境样本的亚基因组中ARGs检测的覆盖率有所提高。除了使用相似性搜索策略对高吞吐量原始读取进行注释外，ARGs OAP v2.0现在还使用SARGfam（一种高质量的轮廓隐马尔可夫模型（HMM））提供基于模型的装配序列识别，该模型包含ARG子类型的轮廓。此外，ARGs OAP v2.0通过使用基本单拷贝标记基因的平均覆盖率来改进细胞数量量化，作为对基于16srrna基因的先前方法的补充。
      可用性和实施：ARGs OAP可以通过http://smile.hku.hk/SARGs访问。数据库可以从同一站点下载。本研究的源代码可从https://github.com/xiaole99/ARGs-OAP-v2.0下载。

       https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/13/2263/4835082