摘要
出身背景
耐药细菌是抗生素耐药基因（ARGs）的重要载体。这一事实对于制定精确的临床药物治疗策略至关重要。牛津纳米孔测序仪等长读测序平台可以提高基因组组装效率，尤其是当它们与短读测序数据相结合时。
后果
粪便产碱杆菌PGB1被分离并鉴定为对青霉素和其他三种抗生素具有耐药性。经Nanopore Mineion和Illumina测序仪测序后，对其整个基因组进行了杂交组装。用4433个基因（包括91个RNA基因）组装并注释了一条染色体和一个质粒。进行了功能注释和菌株之间的比较。系统发育分析表明，它最接近粪曲霉ZD02。对抗性体相关序列进行了探索，包括ARGs、插入序列、噬菌体。两个质粒氨基糖苷类基因被确定为获得性ARGs。ARG的主要类别是抗生素外排耐药性，PGB1的β-内酰胺酶（EC 3.5.2.6）分为A类、A1b亚类和LSBL3簇。
结论
本研究鉴定了新分离的细菌A.faecalis PGB1，并对其基因组序列和ARGs进行了系统注释。

https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-022-08507-7